Xã Mậu Duệ là một xã thuộc huyện Yên Minh, tỉnh Hà Giang, Việt Nam. Xã Mậu Duệ có diện tích khoảng 40,3 km², nằm ở độ cao trung bình là 1.400 mét so với mực nước biển. Về khí hậu, xã Mậu Duệ có khí hậu ôn đới, mưa nhiều và lạnh khô.
Theo thống kê năm 2019, dân số của xã Mậu Duệ là khoảng 1.100 người, chủ yếu là người dân tộc H'Mông.
Xã Mậu Duệ có nhiều danh lam thắng cảnh như thác Bản Giốc, núi Cán Tỷ, hang Sơn Đoòng, động Thâm Khương và hồ Yên Minh.
Đặc sản của xã Mậu Duệ là rượu ngô, mật ong rừng và những loại rau củ đặc trưng như cải mèo, rau chân vịt, đinh lăng...
Có 30 doanh nghiệp tại Xã Mậu Duệ, Huyện Yên Minh, Hà Giang